Το Ίδρυμα διαθέτει μια σημαντική συλλογή ιστορικού και εθνογραφικού περιεχομένου, η οποία αποτελεί καρπό πολλών χρόνων και μεγάλης προσπάθειας. Αποτελείται από κοστούμια του 19ου αιώνα κυρίως από τη Σάμο και άλλα νησιά, σπάνια έγγραφα, χρηστικά αντικείμενα, γκραβούρες κ.α. Μερικά από τα παραπάνω εκτίθενται σήμερα προσωρινά σε αίθουσες του Μουσείου, μέχρι να τοποθετηθούν στο κατάλληλο κτίριο τον κατάλληλο χρόνο.
